Η παραγωγή, συσκευασία και διανομή διασφαλίζονται από το σύστημα διαχείρισης για την υγιεινή τροφίμων σύμφωνα με το διεθνές πρότυπο ISO22000. Επίσης η εταιρία διαθέτει πιστοποίηση από την Δ.Η.Ω. για τα αυγά Βιολογικής Γεωργίας και από την Agrocert για τα Αυγά Ημέρας.
Στόχος της MEGAFARM είναι να διασφαλίσει την ποιότητα των προϊόντων της μέχρι να φτάσουν αυτά στον καταναλωτή. Για αυτό προσπαθούν όλοι οι άνθρωποι της MEGAFARM από την παραγωγή μέχρι την συσκευασία και διανομή. "Επιλέγω Ποιότητα" είναι το moto της εταιρείας το οποίο και αποτελεί όλη τη φιλοσοφία της. Προς αυτή την κατεύθυνση κινείται η εταιρία θέλοντας να προσφέρει στον καταναλωτή προϊόντα άριστης ποιότητας και υψηλής θρεπτικής αξίας.